شما به صورت نقدی، بانکی یا اینترنتی میتوانید پرداخت خود را انجام دهید و هنگام ثبت سفارش در مرحله "روش پرداخت" شیوه پرداخت خود را انتخاب کنید. همگی کاربران اتوسيستم میتوانند از طریق درگاه اینترنتی و با استفاده از همه کارتهای بانکی عضو شبکه شتاب (كه داراي رمز دوم، تاريخ انقضاء و cvv2 باشند) هزینه سفارش را به صورت آنلاین پرداخت کنند. همچنین امکان واریز بانکی یا واریز کارت به کارت و يا واريز از طريق موبايل بانك، اينترنت بانك و... به شماره حسابهای اعلام شده در سایت اتوسيستم برای همه کاربران وجود دارد. در صورتی که آدرس تحویل سفارش، شهرتهران باشد به شرط انتخاب روش حمل با پيك موتوري، مشتریان میتوانند هزینه را هنگام تحویل سفارش، در محل به صورت نقدی به پيك پرداخت نمايند. لازم به ذكر است كه هزينه پيك بسته به محل خريدار متفاوت است و بايد توسط خريدار پرداخت گردد. لذا با توجه به سرعت بالای توزیع مرسولات پستی در تهران و بالابودن هزینه پیک موتوری، به کاربران تهرانی نیز روش حمل و نقل پستی توصیه می شود.